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Presque la fin des thésards
24 septembre, 2016, 11 h 36 min
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Dans le cadre de l’agence universitaire de la francophonie (AUF), nous avons accueilli plusieurs étudiantes vietnamiennes diplômées à bac plus cinq  auxquelles, après une année de formation en français scientifique langue étrangère, nous offrions la possibilité de poursuivre en doctorat. L’une d’entre elle fut inscrite en thèse par ma collègue, cette fois je n’étais que le codirecteur; elle avait rapporté des échantillons de microalgues récoltées dans l’estuaire du Mékong dans des zones polluées. Nous lui avons proposé une étude écotoxicologique en suivant le comportement de ces microalgues vis à vis de différents métaux.

Petite souris très courageuse et très efficace, elle courait, du matin au soir, entre les différentes salles du laboratoire et nous avions du mal à la suivre aussi bien physiquement que scientifiquement. Malheureusement  son financement par l’organisme et par l’ambassade était insuffisant, aussi, pour le compléter, entre midi et quatorze heures, elle travaillait à la plonge au restaurant universitaire et lors des congés elle s’occupait de l’accueil dans une piscine et effectuait pleins d’autres petits boulots. Au bout de trois ans elle nous a rendu son mémoire de thèse que nous avons dû beaucoup corriger, mais nous l’avions prévu car bien que parlant correctement le français, l’écrit était pour elle plus difficile (comme moi pour l’anglais sauf qu’en plus je le parle très mal !). Elle réussit ensuite à obtenir un contrat de recherche dans un laboratoire parisien et finit par épouser un jeune et très brillant professeur agrégé de droit, ce qui n’a rien à voir…   Mais elle s’est casée ! Comme aurait dit ma grand-mère. Après plusieurs post-doctorats elle n’a malheureusement pas réussi à s’intégrer dans un laboratoire de recherche. Au dernière nouvelles elle tente de commercialiser deux produits extraits d’une plante asiatique étrange, le konjac dont on fait à la fois des nouilles de régime et des éponges très douces pour la peau.

 

Pour le suivant ce fut une autre galère, nous étions maintenant tous regroupés dans une grosse équipe régionale (MMS). Je devais à nouveau disposer d’une bourse de thèse de la ville de Laval après un arbitrage en ma faveur par le conseil de l’équipe de recherche à Nantes.  Mais les responsables de l’IUT de Laval en décidèrent autrement en décidant  que dorénavant toutes les thèses financées devaient être dirigées par un professeur de Laval (et il n’y en avait qu’une). Du coup mes collègues de Laval qui devaient co-encadrer la thèse, mais qui n’étaient pas professeur et moi-même étions éliminés. Comme mes collègues avaient besoin de thésard pour animer leur thématique de recherche sur les lipides, j’ai profité de la tentative de mise en place d’un accord de coopération avec l’université tunisienne de Sfax pour récupérer un étudiant en cotutelle théoriquement Tunisien mais qui était en fait Algérien. Dans le cadre de cette cotutelle, Je l’ai d’abord envoyé faire quelques mois de stage dans un laboratoire de nutrition d’un collègue tunisien puis il est venu préparer sa thèse sur le site de Laval.  Le projet était de tester sur des animaux de laboratoire les effets supposés bénéfiques des oméga-3 présents dans des microalgues commercialisées comme complément alimentaire. Pendant quelques mois l’étudiant avait l’air de s’intéresser à cette thématique, jusqu’au jour où je lui ai obtenu une bourse de 5 000 € versée par l’université car nous n’avions pas obtenu le financement par le PHC. Mais surprise le lendemain alors qu’il devait démarrer une longue journée de manips, il a enlevé sa blouse et il est parti sans plus d’explications, laissant mes deux collègues de Laval complètement démunis. J’ai appris un peu plus tard qu’il était parti à Lyon, ville où il avait fait une partie de ses études et qu’il y avait ouvert un kebab avec la prime de 5 000 € que lui avait versé l’université. J’ignore si son petit commerce à marché. 



Encore et encore des thésards !
16 septembre, 2016, 19 h 27 min
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Pendant la même période, des chimistes essayaient de développer des plastiques biodégradables (films de paillage)  encouragés et financés par l’ADEME (Agence de l’Environnement et de la Mâitrise de l’Energie) et ils nous avaient proposé de tester la biodégradabilité de ces films de paillage. Pour cela nous avions réalisé un dispositif automatisé (basé sur un test normalisé dit de « Sturm ») qui permettait de suivre en continu et en conditions contrôlées le dégagement du CO2 issu de la biodégradation des plastiques par les bactéries. Une thésarde fut chargée de ce travail; dans un premier temps, je lui ai fait suivre les règles du test qui imposait d’utiliser une flore bactérienne récoltée dans une station d’épuration, mais très  vite elle est tombée malade, une pneumonie et comme nous ne disposions pas encore de hottes aspirantes, mais pas de hottes de microbiologie protégeant à la fois l’échantillon et l’expérimentateur, il y avait un doute sur les causes de sa maladie (venant en moto tous les matins d’hiver un peu dépoitraillée, ma théorie sur l’origine de sa pneumonie était différente de la sienne, mais il y avait peut-être un effet de synergie entre les deux facteurs); heureusement pour elle (sinon s’en aurait été fini de son doctorat et de ma carrière !), elle n’a pas porté plainte contre moi. J’ai quand même remplacé la flore bactérienne de la station d’épuration par un extrait de sol ce qui malheureusement invalidait le test de Sturm mais était plus proche de la réalité dans la mesure où les films de paillage devaient ensuite être enfoui dans le sol pour s’y biodégrader ! Elle a malgré tout mené à bien ses travaux avec un plus dans la mesure où elle présentait très bien (captant son auditoire dans tous les sens du terme) je la faisais plancher dans toutes les réunions savantes; elle faisait toujours forte impression au niveau de la partie mâle de l’assistance même si ses exposés n’étaient pas toujours aussi parfaits que sa silhouette (remarque non politiquement correcte mais tellement proche de la réalité) …

 

La candidate suivante a  pris la suite de la thématique UV et microalgues sur d’autres espèces et avec une approche plus diversifiée associant la physiologie à la biochimie et à la biologie moléculaire permettant une exploitation des mesures de fluorimètrie plus poussée. Malheureusement la thésarde eu quelques difficultés à s’approprier le sujet, bonne technicienne elle réalisa de façon très satisfaisantes les mesures dans les conditions difficiles d’une chambre froide à 15°C chaque jours pendant plusieurs heures. Par contre il fallut avec ma collègue  beaucoup l’aider pour la rédaction, d’autant plus que l’autre coencadreur avait complètement démissionné. Nous n’avons pu sortir qu’un article de ses travaux car elle migra ensuite au Japon et nous avons perdu tout contact pendant plusieurs années. J’ai quand même fait l’effort en rajoutant quelques manipulations de publier avec son assentiment un second article sur ses travaux afin d’enrichir son dossier mais en évitant d’associer le collègue coencadreur qui nous avait laissé tomber.

 

Dans le sujet de thèse suivant en collaboration avec mes collègues de Laval, j’ai abandonné la photosynthèse pour le métabolisme des lipides qui était leur thématique de prédilection mais en conservant le modèle microalgues. J’avais déjà collaboré sur cette thématique lipides avec ces collègues en utilisant le modèle abondamment étudié dans notre équipe la navicule bleue verdisseuse d’huitres. Comme cette thèse était financée par les collectivités locales mayennaises, elle devait se dérouler, sous ma direction co-encadrée par mes deux collègues,  en grande partie à l’IUT de Laval qui disposait de l’équipement adéquat.  La partie des expérimentations nécessitant l’utilisation de 14C afin de suivre le métabolisme des lipides dans l’algue a été réalisée au Mans dans la mesure où nous disposions  d’un laboratoire radio-isotopes et dont j’étais à l’époque responsable. L’étudiant était très motivé et très brillant, il a mené à bien et dans le temps imparti son travail de thèse. Il en a tiré avec notre collaboration une demi douzaine d’article dans de bonnes revues scientifiques. Cette fois c’était une grande réussite, ce fut mon meilleur thésard en concurrence avec mon premier étudiant devenu depuis un collègue professeur algérien (celui avec qui j’écris des ouvrages scientifiques à lire dans votre temps libre !!).



Encore des thésards
10 septembre, 2016, 11 h 16 min
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Pendant la même période, j’ai participé à l’encadrement d’un autre stagiaire en DEA puis en  thèse mais un peu particulier car professeur agrégé (collègues qui savent tout mais seulement ce qui est écrit dans les livres et qui sont souvent déstabilisés lorsqu’ils sont en contact avec la réalité de l’expérience scientifique !) en poste dans un lycée du Mans. Il a passé son DEA brillamment, mais le doctorat ne s’est pas déroulé comme prévu. C’était ma collègue qui avait proposé le sujet de thèse sur la résistance aux stress des triticales et de leurs parents, car elle ne travaillait pas encore sur les algues. Dans la mesure où il était salarié, il avait droit à 6 années pour préparer puis soutenir sa thèse. Les premières années se sont déroulées sans trop de problèmes hormis le fait qu’il ne disposait pas de beaucoup de temps et qu’il fallait souvent  suppléer à ses absences car le rythme de croissance de ses plantes avait du mal à s’accorder avec ses horaires contraignants de professeur du secondaire. Nous avons malgré tout publié deux articles sur ses travaux en y participant activement. Par contre conscient des difficultés financières du laboratoire, il nous avait trouvé des financements par relations sous forme de taxes d’apprentissage. Ainsi des établissements aussi divers que des fabricants de hors-bord, d’extincteur en ce qui le concerne, mais aussi des grainetiers, des sociétés de produits chimiques, des métalliseurs de pièces plastiques ou des fabricants de cristaux pour l’industrie nous ont soutenus financièrement.

 

     Mais la situation s’est compliquée car lors d’un séjour dans le laboratoire de Clermont Ferrand où je l’avais emmené, lui et ses plantes pour faire des mesures; plantes que j’avais transporté dans mon VW le soir pour maintenir l’alternance jour/nuit ! A l’époque j’étais prêt à tous les sacrifices pour la Science, maintenant je suis guéri ! Les journées de mesures c’était bien déroulée et un soir le directeur de thèse (je n’étais que co-encadreur) nous avait invité à dîner chez lui et au dessert, le vin aidant, le thésard et son directeur se sont pris la tête jusqu’à en venir aux mains et j’ai dû les séparer. S’en était fini de la thèse avec une tentative de coup de boule sur son directeur, il allait être très difficile d’obtenir une autorisation de soutenance.

 

Ensuite pendant quelques années, il me fut difficile d’obtenir des bourses de thèse;  l’obtention d’une bourse était devenu une condition indispensable pour inscrire un ou une étudiante en thèse et d’autre part pour diriger en titre une thèse il fallait que je sois habilité à diriger des recherches et à l’époque « professeur » (maintenant, c’est plus simple, il n’est plus nécessaire d’être professeur).

 

Une fois ces conditions réunies j’ai pu obtenir une première bourse financée par la région. J’ai recruté un étudiant un peu particulier, très, voire trop bricoleur, capable de démonter et de remonter une coccinelle VW ou de réparer un ordinateur, une carte électronique de centrifugeuse ou une machine à laver, etc. Cette fois le sujet proposé portait sur les microalgues et leur comportement photosynthétique  en présence de différents  éclairements dans le visible et l’ultraviolet. La difficulté avec cet étudiant, c’est qu’il voulait soumettre les microalgues à  son propre rythme biologique et je n’ai jamais réussi à lui faire accepter que les mesures devaient avoir lieu au début de la phase lumineuse donc en début de matinée vers 9 h, soit quelques heures après le début de la phase lumineuse (je vous fait un cours, excusez-moi). Comme il n’était pas du matin,  il réalisait ses mesures au milieu de l’après-midi ce qui rendait difficile les interprétations. Par contre il avait fortement amélioré le fluorimètre modulé du laboratoire destiné par le constructeur à des mesures sur des feuilles de plantes terrestres en l’adaptant aux microalgues et l’appareil est toujours fonctionnel. Au cours de ses 3 ans de stage Il a gracieusement  réparé tous les appareils qui tombaient en panne (et c’est fréquent dans un labo) mais en même temps, il a préparé sa thèse, il a rédigé un long document  (il a fallu réduire le nombre de pages tout en en gardant une grande partie en annexe) et il l’a soutenue brillamment. L’année suivante il a obtenu un poste d’ATER en biologie á l’université de Rennes et quand ses collègues  se sont rendus compte de ses compétences, ils ont allégé ses charges d’enseignement afin qu’il répare tous les appareils en panne dans leurs laboratoires ! Malheureusement ne voulant pas quitter la Sarthe, il n’a pu faire de post-doctorat et n’a pas été recruté dans l’enseignement supérieur.



Stagiaires et thésards, quelle galère !
3 septembre, 2016, 8 h 55 min
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L’une des fonctions d’un enseignant-chercheur est tout naturellement la création et la transmission du savoir et pour cela la direction d’étudiants en stage ou mieux en thèse reste incontournable. Ainsi j’ai  au cours de ma carrière participé à l’encadrement de quelques dizaines d’étudiants ou d’étudiantes, pour le meilleur et pour le pire. Si je remonte dans le temps, je suis obligé de vous remmener en Algérie, où j’ai encadré dans un premier temps des étudiants en stage menant à des diplômes d’études supérieures, puis vers la fin de mon séjour un excellent thésard, un peu particulier, car plus de trente ans après nous continuons à collaborer en écrivant des ouvrages scientifiques ensemble. Mais, avec lui, je n’avais pas besoin d’intervenir car il dirigeait lui même ses travaux sur la nutrition azotée des luzernes, et en contact avec des labos français, il se débrouillait très bien tout seul.

Je lui ai quand même apporté une aide surtout matériel en mettant à sa disposition, tous les après-midi dans mon appartement et pendant plusieurs mois, mon ordinateur  personnel de l’époque (un QL de Sinclair que vous ne devez pas être nombreux à connaître) et en corrigeant quelque peu ses textes (maintenant, c’est lui qui corrige les miens !). Il ne m’avait pas complètement oublié puisque c’est lui qui m’a contacté au début des années 2000 pour m’associer à la rédaction d’ouvrages scientifiques, activité que nous poursuivons avec succès puisque notre premier ouvrage commun paru en 2009 vient d’être réédité en 2015 (un peu de pub, cela ne gâche rien  !).

Lors de mon retour en France, dans le cadre d’un PHC (Programme Hubert Curien de coopération interuniversitaire), j’ai ramené dans mes bagages, si l’on peut dire, une étudiante algérienne souhaitant préparer une thèse et un étudiant algérien du sud souhaitant poursuivre en DEA. Je m’étais engagé à développer des recherches sur la photosynthèse des algues marines et arrivé depuis peu au Mans, je devais rapidement  tout mettre en place pour qu’ils puissent y effectuer leurs stages. Je disposais d’une chambre froide au sous-sol qui réglée à 15 °C permettait d’y maintenir des algues dans des conditions proches de leur milieu naturel. J’y ai installé des petites enceintes de culture permettant de les exposer à diverses conditions d’éclairement  avec l’aide de mon collègue de l’époque, très  bricoleur, compétence indispensable dans un laboratoire de biologie où il faut souvent « compter sur ses propres forces » (une de mes citations préférées  de Mao Tse Toung) pour résoudre les problèmes du quotidien. Juste pour l’anecdote en dehors des enceintes ventilées, il fut l’inventeur et le concepteur entre autres de la batteuse à plantain (une des plantes modèles du laboratoire avant mon arrivée) et du distributeur d’eau distillée commandé au pied qui est toujours fonctionnel au laboratoire plus de 30 ans après.

Si le garçon effectua la totalité de son stage au Mans, la jeune fille préféra s’installer à Clermont Ferrand où elle était administrativement inscrite, ce qui ne simplifia pas vraiment mes interventions (je vous en ai déjà abondamment parlé). Pour ces premières années de carrière comme fonctionnaire titulaire (voir la sketch des « Chevaliers du fiel » comme référence…), je ne vous cache pas que j’ai beaucoup travaillé avec eux et pour eux et que j’ai beaucoup rédigé sans eux mais pour eux. Les deux impétrants ont obtenus leur diplôme et c’était pour moi le principal.

 


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